Um dos grandes mistérios da Operação Prato se encontra em sua segunda fase, onde membros de órgãos de inteligência durante a ditadura militar se fazem ainda mais presentes que na primeira parte.
E em um momento após o encerramento da operação, um dos avistamentos mais intrigantes acontece em uma propriedade no interior do Pará. O que levanta a pergunta: Como os militares lidaram com os avistamentos após o encerramento da Operação?