Nasceu a 15 de dezembro de 1965 na ilha da Madeira, mas viveu até aos oito anos na cidade marítima do Lobito, em Angola: "Foi uma etapa para mim muito importante, porque são os primeiros anos da vida, as primeiras coisas que vemos, que temos consciência, digamos. Foi ali que andei na escola pela primeira vez, que me iniciei na experiência do mundo e de facto quem teve essa experiência por África sabe que há uma marca que permanece, porque África dá-nos essa dimensão da vastidão, [da] largueza do espaço (...) uma limpidez que nos fica gravada no coração". Com a descolonização, a família de José Tolentino Mendonça faz parte do quase milhão de retornados que abandonam a casa e a terra onde até ali viveram, o que leva o poeta a afirmar "que Portugal ainda não [soube] encontrar uma narrativa na qual possa falar livremente do que foi o nosso encontro com África". Em 2018, o cardeal Tolentino recebeu um telefonema do Papa Francisco - com quem só se tinha cruzado em audiências públicas - que o convida para​ ser Bibliotecário e Arquivista do Vaticano: "De todos os serviços que existem na Cúria romana só há dois que permanecem quando morre um Papa, todos os outros ficam demissionários, mas dois continuam no pleno das suas funções. Um é o penitenciário-mor, para perdoar os pecados, e o outro é o bibliotecário para garantir a integridade documental".